En 1938, coinciden diversos factores que propician un cambio trascendental en la situación de la educación superior en el Estado, interviniendo el Lic. Bernabé L. de Elías, quien realizó gestiones ante el gobernador del estado, Coronel Elpidio Perdomo, para edificar el llamado “Instituto de Educación Superior del Estado de Morelos”, siendo el primer director el Lic. Bernabé L. de Elías; quien fue comisionado por el Gobernador para presentar un Proyecto de Ley. La Primera ley creaba el Instituto de Educación Superior y la Segunda, por medio de la ley del Colegio de Bachillerato con fecha 25 de Diciembre de 1938, se depositó en el estado el ejercicio de la Educación Intelectual superior en su primer grado o sea la tercera enseñanza, en el centro educativo que se denominó el Colegio de Bachillerato, quedando como parte integrante del Instituto de Educación Superior en el Estado.

El 11 de Febrero de 1939, dan inicio las actividades de bachillerato con 13 alumnos, al mismo tiempo que es presentado el blasón y la antefirma “POR UNA HUMANIDAD CULTA”. Propuesto por el Lic. Bernabé L. DE Elías, primer director del Instituto. El edificio estuvo ubicado en la calle Ruiz de Alarcón #3, entre la calle de Hidalgo e Ignacio López Rayón.

En 1942, fue Director del Instituto, el Dr. Felipe García Sánchez, egresando el segundo grupo de bachilleres; estableciéndose el Plan 5 años de acuerdo con la UNAM. De esta manera, el Instituto toma la enseñanza media. En 1943 y hasta 1946, se nombra el 3er. Director del Instituto: Lic. Francisco Cabrera de la Rosa. De 1946 a 1950, es nombrado el 4to Director, Dr. Salvador Ruiz de la Torre, quien crea el Bachillerato Nocturno, el cual funcionó  hasta 1952 en el edificio ubicado en la calle Ruiz de Alarcón #3, trasladado posteriormente al edificio que hoy ocupa la Casa de la Ciencia, ubicado en la calle de Morelos 107 y cedido por el gobierno federal  para el Instituto de Educación Superior.

De 1950 a 1954, fue nombrado el último Director del Instituto el Dr. Adolfo Menéndez Samará quien gestiona la transformación del Instituto en La Universidad del Estado de Morelos, decreto que se llevó a cabo  el 30 de marzo de 1953, fundándose el 3 de mayo de 1953.

En el Rectorado del Lic. Teodoro Lavín  González, se entrega el nuevo edificio de la Preparatoria de Cuernavaca en el lugar que hoy ocupa (1967) . El Noveno Rector, Lic. Carlos Celis Salazar de 1970 a 1976, reestructura el departamento de Servicios Escolares al crear  la Dirección de Educación Media Superior, así como la  Subdirección de Control y Vigilancia de las Escuelas Preparatorias; asimismo se aplica el plan de tres años para la Preparatoria.

En esta época se construyen 3 laboratorios triples para la Preparatoria No. 1.

De 1982 a 1988, el Ing. Fausto Gutiérrez Aragón, undécimo Rector de la UAEM, retoma el acuerdo número 71 del 28 de mayo de 1983, para adoptar el tronco común del bachillerato que proponía en este entonces la SEP, para la homologación de los planes de estudio de bachillerato. Posteriormente es aprobado por el H. Consejo Universitario, el bachillerato único con dos salidas vocacionales: el bachillerato Científico Técnico y el bachillerato Científico Humanístico. En 1983, se elabora el reglamento de la Escuela Preparatoria, así como otros.

Para 1989, durante la gestión del Rector Alejandro M. Montalvo Pérez, se aprueban adecuaciones al plan de estudios del Bachillerato, asimismo, se adquieren materiales, reactivos y equipos para los laboratorios de nivel Bachillerato.  

Durante este rectorado y en el 2do periodo de gestión del Biol. Gustavo Vélez Castillo, Director de la Preparatoria Diurna Número Uno, se llevó a cabo la construcción de 3 edificios correspondientes a: Orientación educativa que alberga 7 cubículos y dos salas audios visuales;  un edificio para el centro de cómputo con capacidad para 50 usuarios, un cubículo, un salón de clases y un espacio para orientación educativa; así como un edifico para el centro de auto acceso, dividido en dos secciones y que alberga una sala audiovisual.

La Preparatoria Número Uno, en su calidad de Bachillerato General se ha adherido a los cambios en los planes y programas de estudio. En 1997 adopta el plan de estudios por ejes de formación: eje de formación de habilidades numéricas, eje de formación de habilidades experimentales, eje de formación de ciencias sociales y eje de formación de comunicación y lenguaje.

En el periodo 1999 a 2002, siendo Director el Biol. Juan Ranulfo García Ríos, se lleva cabo la remodelación de los sanitarios de la escuela preparatoria y el equipamiento del laboratorio de física.

Durante el periodo de Gestión 2002 – 2008 de la Psic. Ma. Delia Adame Arcos, se llevaron a cabo la remodelación del Auditorio Escolar, así como el acondicionamiento y equipamiento de la biblioteca; se equipó en parte, el centro de computo, se colocaron pisos en los laboratorios de Física y Bilogía y se acondicionó el área de Orientación Educativa, así como el equipamiento de las salas audiovisuales. A pesar de la restricción económica, todos estos beneficios se obtuvieron del recurso PIFIEMS transversal y se ingresó al Sistema de calidad  ISO 9001.

Durante 2009 – 2011 se llevaron a cabo labores de impermeabilización de edificios, equipamiento parcial de oficinas administrativas, pintura de salones, laboratorios y salas audiovisuales. Se ha dado mantenimiento parcial a la red hidráulica, sólo en cuanto a la renovación de equipo de bombeo.

Se cambió la cancelería y puertas del área de orientación educativa, se ha dado mantenimiento de sanitarios, de instalaciones eléctricas de manera parcial, así como el mantenimiento y modernización de la red del sistema de cómputo. Se llevó a cabo la remodelación de la cancha de futbol, la construcción de gradas y un módulo de vestidores y sanitarios con el apoyo de la Universidad y el gobierno del estado, para cumplir con el compromiso de la Universiada Nacional 2010.

Se ha equipado con mesas binarias y sillas, para las aulas de tercer año y salas audiovisuales, asimismo, la Dirección de Educación Media Superior ha conseguido para nuestra escuela, equipo para centro de cómputo y centros audiovisuales, así como aires acondicionados, entre otros,  gracias a los recursos generados a través de los diplomados de formación docente.

De igual forma se continuó y reformó el proyecto de infraestructura educativa iniciado en el 2008 y apoyado por el INEIEM; consolidando la construcción de un edificio de tres plantas que alberga seis aulas ambiente, un aula de medios, un módulo de sanitarios para alumnos y otro para docentes. Actualmente está pendiente concluir las modificaciones a la red eléctrica y la construcción de un edificio para Tutorías.